然而此时，蛰伏了近十年的日本自觉力量已足以战胜中国，又蠢蠢欲动起来。此时袁世凯在朝鲜的主要任务，不光是阻遏王室的自主倾向，还要帮助朝鲜应付日本的挑衅和威bī。先是，1893年初日本派大石出使朝鲜，大石是个狂热的帝国主义分子，赴任伊始即口出狂言，“其论韩事有二法，驻该国俄使则结以恩，华使则畏以威”;到任后则宣称“连合各国扶持韩国自主，永不受中国凌侮，中国所派遣的海关官员可以驱逐，出使五国的使节可以派遣”，摆出一副与袁作对的架势。袁何许人也，自然不吃这套，电告李鸿章：“前年韦贝、德尼等谋使韩国自主，迄无寸功。倭qiáng大不如俄国，大石yīn险狡猾不及韦贝等人，各国亦未必听其连合，庸人自扰，似乎没什么了不起54”。但大石到朝鲜就是生事来的，他奉政府之命，以日朝间一些经济纠纷挑起事端，qiángbī朝鲜作出经济赔偿，并以撤使断jiāo相威胁。袁则于背后指导朝鲜外署与之周旋，一拖二磨，使大石蛮横凶恶的面目bào露无遗，其帮助韩国自主的宣言遂不攻自破，最后由袁出面调处，以中国垫付赔偿了事。而此时大石已“为韩君臣所深嫉”，难以顺利执行外jiāo任务，上任仅半年(当年7月)即不得不离任回国。袁略施手段，大石即铩羽而归，日本挑起事端以gān涉朝鲜内政的yīn谋亦遭挫败。
1894年2月，朝鲜开化派领袖金玉均在上海遇刺，成为日本gān涉朝鲜内政的又一借口。金玉均、朴泳孝在甲申政变失败后，随日使竹添逃匿日本，不断进行推翻政府，在朝实行改革自主的活动，被朝鲜和清廷当作了心腹大患，除通过外jiāo途径要求日本限制其活动外，亦不断策划暗杀二人的yīn谋。1892年，朝政府派李逸稷赴日办理此事，李很快取得二人的信任，并拉由法国返国途经日本的洪钟宇(甲申政变中死难的“开化派”骨gān洪英植之子，他认为其父之死，金等有责任，怀有复仇心理)参与此事，介绍洪与金、朴二人相识，由于有故友之子的身份，洪也很快取得了二人的信任。李、洪策划将其中一人引出日本后同时举事，各杀一人。于是洪钟宇遂诱骗金玉均随其赴中国求助：“故国革命，非自身力量所能达到，余曾流离中国十四年，与李鸿章之子李经芳最相亲善。若赖李经芳得其父之一诺，大事成矣55。”金遂决计随洪赴中国，1894年3月28日(旧历二月二十二日)，金甫抵上海，即为洪钟宇击毙于租界中日人开设的东和洋行，洪随即被捕;4月，清廷应朝鲜要求，将洪钟宇暨金玉均的尸体一并引渡给朝鲜。由于金等于甲申政变中曾谋杀多名守旧派大臣，深为保守势力所仇恨，朝政府遂将金之尸体枭首断肢，以泄其愤。日本起初对此大肆渲染，煽动敌视朝鲜与中国的情绪，宣称清引渡金尸，致其被枭首戮尸，是对日本的侮rǔ，也是日中韩三国间外jiāo的重大问题。一些好战的làng人团体上书政府，要求立即向清开战，很多高级军官亦鼓动于后。但金为韩人刺杀于租界，清之引渡乃应朝政府请求，日首相伊藤博文与外相陆奥光宗认为借口不足，但日本以武力控制朝鲜，通过战争迫使清廷屈服的计划已准备就绪。
1889年日本宪法将军队的统帅权由内阁移jiāo于天皇，以参谋总长和军令部长为其辅佐，天皇握有宣战、媾和与缔约大权;1893年，天皇又批准了《战时大本营条例》;规定大本营是战时最高统帅机构，由天皇主持，由此完善了对外战争的指挥体系。其多年来派赴中国、朝鲜收集情报的间谍网源源不断输送来的情报也使日本参谋本部对中国各种情况，尤其是军事情势了若指掌，甚至“比中国人自己更清楚地知道，每省可以抽调多少人出来作战56”。日军参谋次长川上操六以旅游为名，于1893年连续赴朝鲜、中国实地考察4个月之久;在中国天津、上海、南京等地参观军火工厂、军事设施、部队操练，李鸿章不知大难将至，还将其作为上宾殷勤款待。川上经过实地考察，确信“中国不足畏惧，增qiáng了必胜信心57”;日本还根据大量情报绘制出了朝鲜、中国东北三省和渤海湾的军用详图，上面标明了这些地区每个小丘和每条道路的位置。日本的战争准备已万事俱备，所缺的只是合适的借口，而这个借口也很快就找到了。
1893年，朝鲜发生了东学党组织的大规模请愿活动，全国处于骚动不安之中。东学教是19世纪70年代开始流行于朝鲜的一种民间宗教，其基本教义杂糅了儒、佛、道教的很多成分，主旨是社会平等、反对贪官污吏和外来思想影响，在农村和下层社会有很大影响。东学教的创始人是崔济愚，由于其思想传播愈来愈广，信徒愈来愈多，引起了政府的注意和恐慌，1863年朝官府将其逮捕，翌年将其杀害并禁止信奉和传播东学教。但东学教仍在地下传播与发展，其第二代教主崔海月利用教徒和农民对政府的不满，发起了为教祖崔济愚申冤的活动，希望借此使东学教取得合法地位。1892年，崔海月率教徒六十余人赴汉城上书官府申冤，翌年又提出“惩办贪官污吏”、“斥倭斥洋”等政治性口号，并在忠清道组织了有数万人参加的报恩集会，要求废除取缔东学教的禁令，号召广大教徒不达目的誓不罢休。朝鲜统治阶层对事态的发展极为震惊，感到单凭安抚已无济于事，而仅靠自身的力量亦难以镇压，遂再次求助于袁世凯和清廷。
袁世凯一向主张早遏乱萌，早在东学教掀起为教主伸冤的活动时，他就“屡次劝韩廷早为翦除，毋使滋蔓”。在崔海月等赴汉城上书时，他又建议朝政府要“格外镇定，毋遽惊惶。为士民倡，宜速治魁首以厉其余，并出示剀切的谕令禁止。”在东学教举行忠清报恩大集会时，面对渐成燎原之势的动乱，朝鲜王室、政府方寸已乱，筹商于袁。袁遂建策“劝其简派公正重臣前往抚辑，将各城镇的贪官污吏和苛政分别汰除，再调各处练军到那里虚张声势，显示将进行征讨，并切实明白地吩咐其解散，倘若终不遵从，再议进剿58。”但韩廷畏葸不决，经袁再三劝说，并表示愿自任督剿，朝政府才派鱼允中带兵赶往忠清道驱散了东学党的集会。
就袁世凯为朝鲜政府设计的对策而言，可以看出他对民间社会动乱有着十分清醒的政治判断。对东学党这类以“神道设教”方式动员组织群众的民间宗教(类似于中国历史上之太平道、白莲教、拜上帝教等)，如不能及时将其遏制于萌芽之中，往往很快发展成燎原烈火，造成整个社会的大动乱，历史上类似的事例屡见不鲜。而消除乱萌的手段就是擒贼先擒王，凡民间宗教运动均建立于对教主的迷信之上，除掉教主，教徒们建立于这种迷信之上的jīng神信仰亦会随之崩溃，整个运动自会土崩瓦解。
凡一种民间宗教运动的兴起，多出于对社会现实的不满和政治的腐败，镇压是治末，改良政治方为治本。袁建议派“公正重臣前往抚辑，将各邑贪吏苛政分别汰除”的用意即在于此。改良政治，消除腐败的作用就如釜底抽薪，多数人的满意度提高了，对社会的未来、自己的前途抱有希望，少数野心家就难有作为，历史上政治开明、国家繁盛时期几乎没有动乱的原因即在于此。